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1对大学生心理健康教育工作投入不足
受长期“应试教育”的影响，把心理健康教育仅仅看作智育的附属品，认为心理健康教育是“耍嘴皮，空对空”的观点还有相当的市场，造成很多医学院校对大学生心理健康教育的经费投入无明确规定，更缺乏长远的经费投入规划。相当一部分医学院校的心理健康教育教师只能维持低水平的工作，难以深入开展心理健康教育的理论建设研究、教材建设研究、制度建设研究、教育教学研究。有些高校人事分配制度改革后，心理健康教育教师的工作（主要指心理咨询工作和心理辅导工作）不计入教学工作量，教师得不到相应的报酬，严重影响了心理健康教师的工作热情。
2大学生心理健康教育工作的方法和手段单一
目前，各医学院校心理健康教育的主要方式是针对全体学生的课堂教学和针对少数学生的个别心理咨询、心理辅导。团体辅导活动、心理行为训练、书信咨询、网络咨询等形式的心理健康教育还开展得较少。还没有形成以课堂教学、课外教育指导为主要渠道和基本环节，课内与课外教育、教育与指导、咨询与自助紧密结合的心理健康教育体系。专题讲座、宣传栏、心理健康宣传月、宣传日等有助于营造增进心理健康良好氛围的活动开展得不多。尤其在信息技术迅速发展的今天，网络已经成为大学生获得信息的重要渠道，如何通过网络开展大学生心理健康教育已经成为高校心理健康教育者必须应对的课题。高校在这方面的探索研究还远远落后于形势的需要。
3大学生心理健康教育工作中的医学化倾向
这种倾向是指心理健康教育工作中是以“调试”和“治疗”即解决大学生心理问题，排除心理障碍或危机干预为出发点，甚至主张应用药物或医疗技术对学生进行心理治疗，把心理健康教育教师当成心理医生。个别医学院校的心理健康教育教师在不具备行医资格的情况下，擅自给学生进行药物治疗或仪器治疗。这种倾向的存在不但混淆了高校心理健康教育教师与医疗单位专门心理医生的区别，而且背离了大学生心理健康教育工作的出发点。另一方面，把多数大学生中存在的发展性心理问题当作疾病对待，造成学生对心理健康教育的恐惧。
4大学生心理健康教育思想政治教育化的倾向
医学院校中，许多人对心理健康教育的本质认识不足，尤其在思想政治教育的手段方法不能取得良好的效果时，不去认真探索思想政治教育方法手段的创新，而是寄希望于心理健康教育包打天下，甚至把心理健康教育和思想政治教育混为一谈。心理健康教育和思想政治教育都是医学院校德育工作的重要组成部分，它们在医学院校德育工作体系中是互为补充、相互促进的关系，较高层次的思想观念、政治觉悟、道德修养往往建立在健康心理的基础上，而健康心理的形成和发展亦受良好的思想政治道德诸品质的引导，但是二者绝不能互相替代。心理健康教育与思想政治教育无论在出发点、工作立场、实施方法、应用手段上都有着相当大的不同。上述这些问题的存在表明，当前大学生心理健康教育工作远不能适应形势发展，特别是全面推进素质教育的需要。各级教育主管部门及高等学校要在认真总结工作的基础上，进一步明确新形势下开展这项工作的重要意义和积极作用，针对存在问题，寻找应对措施和解决办法，积极探索新思路，求得大学生心理健康教育的新发展，更好地完成帮助大学生树立心理健康意识、优化心理品质、增强心理调适能力和社会生活适应的能力、预防和缓解心理问题的中心任务，促进大学生德智体美等方面全面发展。