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一、加强清算账户管理，增进清算账户管理的灵活性
由于集中核算系统在清算账户的管理上，采用了逻辑上分散于全国各地的集中核算系统、物理上集中于支付系统国家处理中心的账户管理系统，使得清算账户灵活性不够，需要改善数据集中系统与支付系统的账户管理系统进行充分地整合。
（一）账户管理统一化
现在，人民银行会计核算实行三级核算、分级管理的模式，因此，数据集中系统应充分体现对中央银行会计核算数据集中系统建设的建议这一模式的要求，会计主体（核算主体）对账户管理应拥有足够的自主权。
（二）增强清算账户头寸弥补方式
按当前的大额支付系统运行规则和集中核算系统功能设定，清算账户出现头寸不足时，在清算窗口时间内，允许其他支付系统商业银行参与者以主动发起大额支付业务或透支账户，管辖人民银行以单边业务的方式进行弥补，造成透支行拿着从他行拆借来的资金票据（特指拆出行开具转账支票的方式），到柜面无法记账的不合理现象。因此，数据集中系统应该允许管辖人民银行对透支账户以双边业务记账的方式进行弥补，充分发挥人民银行分支机构在协助商业银行弥补头寸时横向调剂的作用，从而尽量缩短清算窗口开启时间。
二、实现数据全球集中化
实现人民银行会计核算数据全球集中，是提高中央银行会计管理和金融服务水平的前提条件，是中央银行会计核算数据集中系统建设的基本目标。在当前人民央行会计核算体制基本不变的前提下，要改变以往因地域限制而造成的会计信息分散状态，把全国各个分支机构的会计数据纵向集中；同时，应当通过与人民银行国库、发行和财务等其他相关业务系统的连接完成各项会计业务数据的横向整合，突破人民银行会计数据的部门限制。要将所有账户集中放在总行运行管理中心，所有财务数据集中存储于会计档案数据库，充分满足人民银行和商业银行对会计数据集中的需求；实现实时查询核算数据，为信息共享奠定数据基础。
三、完善会计核算监督机制
人民银行目前使用的二次会计凭证要素录入的事后监督系统方法，效率低下、重复性高，且不易发现风险案件。随着核算会计核算监督机制，用一体化设计的思路将会计核算与会计监督有机结合，提高了监督效率和质量。范围上，既要支持以中心支行为监督单位，也要支持跨行核算主体交互监督；方法上，提供多种监督方式完成对各类业务处理的全面过程化监督，充分适应会计核算业务处理依据和处理方式的变化。
四、强化业务培训与人才交流，培养综合会计人才
各级行要在稳定充实现有会计队伍的基础上，一方面采取灵活多样的方式，加强业务培训和交流，如集中学习、网络在线进行实时互动交流等，使会计人员能不断更新和掌握新的技能，尽快适应角色转换和业务发展变化的需要；另一方面加强会计管理部门与业务操作部门之间的沟通和交流，改进业务操作流程，强化会计风险控制，实现信息共享最大化，加强会计分析与宏观决策有效结合的研究，更好的发挥会计工作为金融服务的职能。